La doctrine des germes préexistans régnait à ce moment presque sans partage. Comment concilier les faits nouveaux avec cette théorie ? Bonnet consacra à la solution de ce problème de longues méditations qui aboutirent à une exagération nouvelle, à la panspermie, théorie bizarre qui admet l'existence constante et la diffusion universelle de germes partout présens et toujours prêts à se développer.